Les huit hôpitaux militaires ont pour mission prioritaire le soutien des forces. Ils concourent également au service public hospitalier.
Les huit hôpitaux d'instruction des armées (HIA) offrent aux forces (terre, air, marine, gendarmerie) des soins médicaux spécialisés et des moyens d'expertise performants, complément du soutien de proximité assuré par les Centres médicaux des armées (CMA).
Ils reçoivent les militaires blessés rapatriés des théâtres d'Opérations extérieures (OPEX).
Le personnel militaire, notamment médical et paramédical, participe au fonctionnement des antennes chirurgicales et des Hôpitaux médicochirurgicaux (HMC) déployés en opérations extérieures ou dans le cadre de missions d'assistance humanitaire.
Les hôpitaux militaires sont ouverts à tous les assurés sociaux, même sans lien avec le ministère de la Défense. Assimilés par le ministère de la Santé à des centres hospitaliers et universitaires (CHU), ces hôpitaux sont des établissements polyvalents de soins pour adultes. Ils se soumettent aux procédures de certification de la santé publique.
Sous l'autorité de l'état-major des armées, les établissements hospitaliers militaires contribuent aux plans gouvernementaux de secours mis en oeuvre pour faire face à un afflux massif de victimes : plans canicule, pandémie grippale, Biotox.