Le service de santé des armées détermine l'aptitude médicale au service des militaires et des candidats à l'engagement. Tout au long de la carrière du militaire, le SSA suit le retentissement des contraintes du métier sur son état de santé et évalue son aptitude à des emplois particuliers et à des missions spécifiques.
Lors du recrutement, les candidats bénéficient d'une expertise médicale dite initiale, dans un centre d'expertise spécialisé. Cette expertise permet d'établir l'aptitude générale au service et les aptitudes à certains emplois particuliers, comme le parachutisme ou l'embarquement sur un bâtiment de la marine nationale.
Cette expertise médicale initiale comprend un examen médical clinique complet, un électrocardiogramme, un bilan de l'acuité visuelle et de l'audition, une analyse d'urine.
Le militaire bénéficie au moins d'une visite médicale annuelle au cours de laquelle dépistage et prévention de certains facteurs de risque peuvent être faits.
Le service de santé des armées dispose de trois centres d'expertise médicale du personnel navigant :
- le centre principal d'expertise médicale du personnel navigant (CPEMPN), situé à Clamart (Hauts-de-Seine) ;
- les centres de Bordeaux et Toulon, départements d'expertise des hôpitaux d'instruction des armées Robert Picqué et Sainte-Anne.
Les candidats aux emplois de personnel navigant de l'armée de l'air, de l'armée de terre, de la marine, de la gendarmerie nationale y sont examinés, préalablement à leur admission et périodiquement en cours de carrière.
La grande majorité du personnel navigant de l'aviation civile relève également de l'expertise de ces centres.
Plus de 12 000 consultations et examens complémentaires sont réalisés chaque année dans le centre au profit de consultants externes ou de patients hospitalisés.
En collaboration avec l'Institut de recherche biomédicale des armées (IRBA) de Brétigny-sur-Orge, spécialisée en aéronautique, le CPEMPN délivre un enseignement dans le domaine de la médecine aéronautique.
Le service de médecine hyperbare et expertise plongée (SMHEP), qui a remplacé en 2008 le centre d'expertise médicale du personnel plongeur, est un département de l'hôpital d'instruction des armées Sainte-Anne de Toulon. Il vérifie l'aptitude des militaires des trois armées et de la gendarmerie nationale à la pratique de la plongée sous-marine.