Les méthodes de travail des membres du corps du contrôle général des armées empruntent aux techniques et aux modalités d’audit mises en œuvre dans les grandes organisations, tant publiques que privées.
Elles reposent sur un très large pouvoir d’investigation directement sur place et sur pièces. Les contrôleurs disposent d’une commission ministérielle signée par le ministre de la défense qui rappelle qu’ils agissent en son nom et pour son compte.
Ils sont habilités à pénétrer en tout lieu placé sous l’autorité du ministre et à consulter tout document et système d’information. Ils peuvent requérir des autorités relevant du ministre de la défense tous les ordres et les moyens nécessaires à leur mission sans qu’aucune entrave ne puisse être apportée à leur action.