Sur la base du plan de missions annuel et en fonction de la complexité du sujet et des compétences nécessaires, une enquête est confiée à un ou plusieurs contrôleurs. Son déroulement répond alors à une procédure précise.
Elle s’effectue en deux temps. La lettre de mission donne le cadre général de l’enquête et son calendrier. Après la conduite de premières investigations, la note de cadrage, validée par le chef du Contrôle, précise les attendus de la mission et son calendrier d’exécution.
Lorsque le travail d’enquête est suffisamment avancé, une commission de synthèse est constituée. Il s'agit d'une aide apportée au rapporteur, destinée à soumettre à l'avis de certains membres du corps les faits constatés et les recommandations qu'il a l’intention de formuler. Le rapporteur confronte ainsi ses conclusions à l’analyse de ses pairs. La commission de synthèse est une garantie que les travaux qui vont être présentés au conseil du Contrôle puis au ministre correspondent à la demande initiale ; elle est un lieu de débats et d'échanges avant que le rapporteur finalise sa mission. La commission de synthèse est présidée par le chef du groupe concerné qui assure la supervision de l’enquête.
Une étape clef de la finalisation du rapport est son examen par le conseil du CGA avant sa diffusion. Le conseil est constitué du chef du Contrôle, de son adjoint et des chefs de groupe, le secrétaire général en assure le secrétariat. L'examen du projet de rapport par le conseil a pour objectif essentiel, dans une libre discussion avec le rapporteur, de s’assurer de la solidité des constats et de confirmer la pertinence et la cohérence des recommandations présentées, en particulier avec celles formulées par le Contrôle à l’occasion d’autres travaux. Si le rapporteur reste entièrement libre du contenu de son rapport, le chef du CGA est responsable de son exploitation auprès du ministre de la défense et des autorités concernées.
En application du principe du contradictoire, le rapport est ensuite envoyé pour avis, sous forme de projet, aux acteurs concernés. Une fois les réponses obtenues des différents états-majors, directions ou services, et son texte éventuellement amendé, le projet devient le rapport définitif ; il est alors envoyé au ministre accompagné du tableau récapitulatif des réponses des acteurs concernés et d'une lettre de transmission signée du chef du contrôle général des armées.
En cas de désaccord sur les recommandations du rapport, il appartient au ministre de la défense et à son cabinet de réunir en tant que de besoin les organismes audités et le contrôle général des armées afin de décider des suites à donner aux recommandations contenues dans le rapport. Un relevé de décisions formalise alors les orientations et les échéances retenues.