Au terme d'une sélection exigeante, les personnes qui intègrent le corps du CGA disposent de solides connaissances en matière juridique et économique. En fonction de leur profil et de leur expérience passée, les membres du corps approfondissent leurs compétences dans certaines matières afin d'en devenir de véritables spécialistes.
La formation initiale des contrôleurs s’étend sur une période d’un an à partir de leur intégration dans le corps.
Elle vise à conforter leurs connaissances du ministère de la défense acquises au cours de la première partie de leur carrière, en situation de commandement dans les forces et dans les services ou dans l’administration active, et à appréhender de nouveaux secteurs d’activité.
L’approche théorique des techniques d’audit et du métier de contrôleur se confronte rapidement avec des enquêtes sur le terrain, encadrées par des membres du corps expérimentés.
Enfin, la formation initiale comprend également un volet interministériel au travers de la rencontre des inspections générales interministérielles avec lesquelles le CGA conduit des missions communes : inspection générale des finances, inspection générale des affaires sociales et inspection générale de l’administration.
La formation initiale est prolongée et approfondie par des cursus d’enseignement permettant aux contrôleurs de se spécialiser et d’acquérir des expertises particulières. A titre d’illustration, le contrôle général des armées se positionne comme un expert reconnu de l’audit des systèmes d’information et de communication.
En dehors de toute mission, des rencontres sont organisées régulièrement afin d’entretenir une connaissance actualisée des activités et des organismes appartenant aux armées, directions et services.
Le 13 février 2014, des contrôleurs ont visité l'atelier industriel de l'aéronautique de Bordeaux.