La secrétaire générale pour l'administration est assistée de deux directeurs, adjoints. Six directions et un service sont placés sous son autorité afin d’assurer le pilotage et la coordination des politiques transverses, délivrer des prestations de services et assurer son rôle d'interface ministérielle. La SGA dispose également d’un cabinet, de chargés de missions et d’organismes directement rattachés.