La gouvernance de la MIRVOG s'effectue au travers de l'action conjointe de deux organes spécifiques : un conseil de surveillance et un conseil de gestion.
Le conseil de surveillance est chargé de guider l'action de la mission, d'en préparer les grandes orientations et de proposer ses évolutions possibles. Présidé par un inspecteur général des armées, désigné par décision du ministre de la défense et des anciens combattants, il est composé des membres du collèges des inspecteurs généraux des armées, du chef du bureau des officiers généraux, du chef de la MIRVOG et de son conseiller civil ainsi que de personnalités issues de la fonction publique civile. Le président du conseil de surveillance peut en outre inviter aux séances, toute personnalité qualifiée issue du monde entrepreneurial afin d'être consulté sur l'un des domaines d'action de la MIRVOG. A l'instar des membres provenant de la fonction publique sus mentionnés, ces personnalités doivent être représentatives des secteurs d'activité intéressant les officiers généraux et susceptibles de favoriser leur rayonnement. Ne peuvent siéger à ce conseil les personnalités liées contractuellement à la MIRVOG.
Le conseil de surveillance est convoqué par l'inspecteur général des armées qui le préside. Il se réunit au minimum une fois par an, au cours du second semestre, et présente directement au ministre de la défense et des anciens combattant les recommandations qu'il juge appropriées.
Présidé par le directeur de cabinet civil et militaire du ministre de la défense et des anciens combattants ou son représentant, le conseil de gestion a pour rôle d'apprécier la pertinence et l'efficience des actions conduites par la MIRVOG. Il lui fixe ses objectifs de performance, évalue leur atteinte et contrôle l'utilisation du budget. Il s'assure de la cohérence de la démarche du retour à la vie civile des officiers généraux avec la politique générale de reconversion du ministère et de gestion des hauts potentiels par chaque armée ou service.
Outre son président, il est constitué du président du conseil de surveillance, des représentant du cabinet du ministre, du chef d'état-major des armées, des chefs d'état-major d'armées, du secrétaire général pour l'administration, du directeur général de la gendarmerie nationale, des directeurs et délégués des formations rattachées du ministère de la défense et des anciens combattant, du chef du BOG et du chef de la MIRVOG. Le président du conseil de gestion peut inviter à participer aux séances, toute personne dont la présence serait jugée utile sur un point particulier de l'ordre du jour. Le conseil de gestion se réunit une foi par an, en fin de premier semestre, et se fait notamment présenter le bilan d'activités de la mission et le niveau d'atteinte des objectifs qui lui ont été fixés. Il peut également être saisi par le chef de la MIRVOG pour une réunion extraordinaire, en cas de difficulté de fonctionnement, ou si besoin, lors de procédures de passation de marchés ou d'exécution du budget annuel.