Les groupes de travail (GT) sont organisés sur un cycle d’une année et sont pilotés par un président et deux rapporteurs par groupe.
Les présidents des GT présentent la synthèse de leurs travaux, complétée par leurs conclusions et recommandations sur les thèmes étudiés, lors d’assemblées plénières, en présence de l’ensemble des organismes membres de la CAJ et d’autorités civiles et militaires.
Trois assemblées plénières rythment le cycle annuel de la Commission. Une plénière de rentrée, en septembre, ouvre les travaux des GT. Une plénière de fin de cycle, en juin, permet de présenter les conclusions des GT à la ministre (ou à son représentant). Enfin, une troisième plénière, en janvier, permet, en cours de cycle, soit de prendre connaissance des conclusions pour les thèmes étudiés sur la première session entre octobre et janvier, soit de faire un point de situation à mi-parcours pour les thèmes nécessitant d’être approfondis sur le cycle entier d’octobre à juin.
Le secrétariat général a initié un processus dynamique de modernisation de ses modes de fonctionnement afin de s’adapter à la société actuelle ; il mène, en particulier, une politique volontariste de développement qualitatif des membres de la CAJ. Le cas échéant, il peut être amené à procéder à des restructurations parmi les membres dont l’activité n’est plus en adéquation avec les activités de la Commission.
Cette modernisation, inspirée du monde civil, s’applique également au fonctionnement des groupes de travail de la CAJ : emploi d’outils informatiques collaboratifs et guide méthodologique à l’instar des nombreuses techniques d’atelier créatif mises en œuvre aujourd’hui et reconnues pour leur efficience.