Le 6 août 2012, au terme d’une cérémonie à bord de la Marne, le contre-amiral (CA) Dupuis a transmis le commandement de la force européenne Atalante (TF 465) au CA italien Enrico Credendino.
Avec son état-major d’une trentaine de personnes de 9 nationalités différentes, le CA Dupuis était à la tête de l’opération de lutte contre la piraterie au large de la Somalie depuis le 7 avril 2012.